10歲的女孩瑪麗，自幼家境優越，但她的父母忙於工作應酬，忽視對孩子的陪伴關愛，導致瑪麗性格孤僻固執，脾氣暴躁愛使小性子。

在—場突如其來的災難中，瑪麗成了孤兒，從此寄養在她陰鬱古怪的姑父家。姑父家是一棟古老的大莊園，平時只有女僕陪著瑪麗，瑪麗經常無所事事，很快就感到厭煩，有時三更半夜還會聽見奇怪的哭聲。瑪麗開始在莊園偷偷探尋，結果發現一個臥病在床的奇特男孩，脾氣比自己還要暴躁。

一次偶然的機會，瑪麗意外找到了莊園裡一座荒廢的秘密花園。在一隻小小的知更鳥的帶領下，瑪麗找到了花園的鑰匙，她決心憑藉一己之力救活花園。

與此同時，兩個孩子也找到了快樂成長的秘密，他們的命運發生了不可思議的改變……