故事發生在明末崇禎年間。小說主人公袁承志是明末抗清將領袁崇煥之子。當時社會動盪，朝政腐敗，民不聊生，在東北的滿族部落卻開始崛起，舉兵南侵。薊遼督師袁崇煥屢破清兵，擊斃清太祖努爾哈赤，但卻為崇禎所殺。袁崇煥之幼子袁承志為報父仇，苦練武功，拜華山派「神劍仙猿」穆人清為師，在華山之巔習武十年餘，博採武林諸家之長，加之偶得武林怪傑金蛇郎君夏雪宜的「金蛇秘籍」學成其中武功和金蛇劍的使用之術，武藝更加精湛超群。
袁承志下山之後，以一身絕藝征服了眾多武林豪傑，調解了數起武林中的恩怨糾紛，他武藝高超但心性忠厚，至誠待人，深得武林弟兄的崇敬，被擁戴為七省盟主。當時正值李自成率領的農民起義軍聲威大振，勢如破竹，承志為報父仇殺君王，帶領群豪幫助闖王李自成攔劫官銀、籌集軍資，屢挫官軍，並與入侵清兵浴血奮戰。
「金蛇郎君」之女聰慧美麗的夏青青對袁承志產生了真摯的愛情，跟隨他走南闖北，患難相依，度過了征戰生涯。而此時袁承志又與崇禎之女長平公主（阿九，鹿鼎記中的神尼九難）暗生情愫，並受崇禎所託照顧遺孤阿九。
袁承志協助李自成起義軍攻破北京後，闖軍軍紀敗壞，姦淫擄掠無所不為，闖王亦沉淫於美酒及美人陳圓圓，甚至聽信讒言，以致逼死了袁承志的摯友——忠心耿耿的李岩和紅娘子。清兵入關後闖王潰不成軍，轟轟烈烈的農民起義轉瞬慘敗。袁承志意興蕭索，與青青及當日一同征戰的眾豪傑飄流海外，赴異域重闢天地。