一場穿越時空的正邪大決鬥，由一陣強勁的龍捲風掀起序幕！

米奇與他的最佳拍檔──唐老鴨和高飛，一起被風捲到幾百年前的中國，他們到處拜師學藝，搜尋至寶，歷盡艱苦，為的就是要打倒擁有壓倒性力量的黑蝙蝠王！你願意助他們一臂之力嗎？

高飛今次闖大禍了！恢復了元氣的黑蝙蝠王再一次進攻少林寺，雖然他的妖力在眾僧人之上，但仍被達摩祖師遺留下來的舍利子擊退。後來黑蝙蝠王得到水晶骷髏頭獻計，喬裝成武林高手，利用高飛渴望練成上乘武功、急於求成的心態，騙取他的信任後偷取塔上的舍利子，再大舉進攻，究竟剛修煉出關後的米奇與手執軒轅神劍的唐老鴨可否為少林寺化解這次滅門危機？